Дээд боловсролын шинэчлэлт, шинжлэх ухааны хөгжлийн чиг, хандлага, ШУТИС-ийн хөгжлийн бодлого, зорилго, зорилтууд, Ректорын мөрийн хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэх үүднээс сургуулийн бүтэц, зохион байгуулалтыг өөрчлөн зохион байгуулах, санал боловсруулах ажлын хэсгийг 2013 оны 11 дүгээр сарын 14-ний өдрийн ТУЗ-ийн хурлаар томилов. Ажлын хэсэг 35 хүний бүрэлдэхүүнтэй байгуулагдсан бөгөөд ШУТИС-ийн бүрэлдэхүүний сургууль бүрийн төлөөллийг оролцуулсан байна. Ажлын хэсэг 2013 оны 12 дугаар сарын 20-ны дотор ШУТИС-ийн бүтэц, зохион байгуулалтыг хэрхэн боловсронгуй болгох талаарх саналаа ТУЗ-ийн хурлаар хэлэлцүүлэх юм. Ажлын хэсгийн анхны хуралдаанаар дөрвөн дэд хэсэгт хуваагдаж:

1.Мэргэжлийн хөтөлбөрүүдийг олон улсын жишигт ойртуулах, бэлтгэн гаргах мэргэжлүүдийн талаар судалгаа явуулах, санал боловсруулах

2.Гадаад орнуудын их дээд сургуулиудын бүтэц, зохион байгуулалтын талаарх туршлага, хандлага, чиглэлийг судлах

3.ШУТИС-ийн одоо байгаа бүтэц зохион байгуулалтын давуу, сул талууд, гадаад дотоод орчинд хэрхэн зохицож байгаа талаар судалгаа явуулах, дүгнэлт гаргах

4.Монгол Улсын эдийн засгийн хөгжлийн хандлага, тэргүүлэх чиглэл, аж үйлдвэр, шинжлэх ухаан, боловсролын салбарт баримтлах бодлого чиглэл болон бусад холбогдох бичиг баримтуудтай холбох, ажлын байрны зах зээл, эрэлт хэрэгцээ, хэтийн төлөвтэй уялдуулах гэсэн дөрвөн чиглэлээр судалгаа явуулахаар болсон байна.

Ажлын дэд хэсгүүд Судалгааг олон талаас нь үндэслэлтэй хийх, профессор багш нарын саналыг авах ажлуудыг үе шаттайгаар хийж нэгдсэн ажлын хэсэг дээр хэлэлцүүлэх юм.